病菌以菌丝体在寄主体内、种苗上或随病残体在土中越冬,也可以继续为害贮存的葱。在条件适宜时产生分生孢子,借气流、雨水传播。从寄主的伤口、气孔或表皮侵染所致。温暖、潮湿利于发病,管理粗放、排水不良、阴雨连绵、密度过大、长势衰弱等发病较重。
大蒜紫斑病的病原,是一种称为香葱链格孢的病菌,该真菌以菌丝体的形式或者是分生孢子的形式,附着在田间的病残体、种子以及土壤中进行越冬,等到次年温度适宜后,开始繁殖分生危害。据观察,大蒜种植密度大的地块、氮肥施用过多的地块、重茬种植的地块、土壤比较贫瘠的地块等,大蒜紫斑病发生都比较严重。